
「野座間製薬」が生み出した人工生命体「アマゾン」。無限の可能性を秘めた新たなる種の誕生に寄せられる期待は大きかったが、不慮の事故により4000もの実験体が研究所より脱走。アマゾンたちは腕に付けられた「アマゾンズレジスター」からの投薬により「人間を捕食する」という本能を抑え人間社会に潜伏していたが、脱走から2年が経過して腕輪の効力も弱まり、次々とアマゾンとしての自我に覚醒。怪人化して人を襲い喰らうという悲惨な事例が各所で発生していた。
この事実を隠蔽したい野座間製薬は、専門の駆除班を組織。覚醒したアマゾンたちを秘密裏に処分するのだった。そんななか、駆除班の情報を独自に入手し、ひとりアマゾンを狩る男がいた。男の名は鷹山仁。かつて野座間製薬に所属し、アマゾン細胞を研究していた仁は、悲劇の責任を取るべく自分自身にアマゾン細胞を移植する。そして彼はベルト型の装具「アマゾンズドライバー」を使い「仮面ライダーアマゾンアルファ」に変身。アマゾンを一匹残らず狩り尽くさんと、駆除班が奮戦するなかに乱入するのだった。
さらにもうひとり、アマゾンプロジェクトの責任者である水澤令華が新たなアプローチとして生み出し、養子として迎えられたアマゾンの青年、水澤悠も自分の中の破壊衝動に耐えられず覚醒。仁とコンビを組む女性、泉七羽の導きにより、もうひとつのアマゾンズドライバーを与えられた悠は「仮面ライダーアマゾンオメガ」へと変身を果たす。
自分はいったい何者なのか……悩む悠だったが、母の勧めにより駆除班へと参加を決め、そこでアマゾンだが人と共生できているマモルの存在に心動かされる。
その後、アマゾンを一斉に処分できる切り札「トラロック」の実用化に成功。アマゾンだからといって覚醒していない者たちまで処分してよいのか。人間とアマゾンとの狭間で悩む悠……。一方でアマゾン細胞のビジネス運用を目論む橘雄悟が、人間の遺体にアマゾン細胞を移植するという形で生物兵器「シグマ」こと「仮面ライダーアマゾンシグマ」を生み出す。
さまざまな思惑が絡み合うなか、人とアマゾンとの戦いは凄惨さを極めていく。






































