仮面ライダーゴースト

　10年前に没した父、天空寺龍の遺したお寺「大天空寺」を住職代理の御成とともに預かる青年、天空寺タケル。彼が迎えた18歳の誕生日の日、幼馴染の月村アカリらといつもの日常を過ごしていると、亡き父からの郵便物が届く。そこに入っていたのは目玉のような謎のアイテム「ブランク眼魂（アイコン）」であった。ブランク眼魂に触れたタケルは、普通の人には見えない幽霊のような怪人「眼魔」が見えるようになり、直後に戦いへと発展。だが、戦う術を知らぬタケルは眼魔の凶刃に倒れ、その肉体は消滅してしまう。
　自分は命を失ってしまったのだろうか。不思議な空間で目覚めたタケルは、そこに突然現れた不思議な雰囲気を放つ「仙人」を名乗る初老の男に「生き返りたいか？」と尋ねられ、命を燃やしきれずに生を終えたことを激しく後悔。すると、父が送ってきたブランク眼魂はタケルの魂が込められた「オレゴースト眼魂」へと変化し、仙人はタケルに「お前は眼魔と戦う運命にある」と告げるのだった。そして、眼魔と戦える力を持つ戦士「仮面ライダーゴースト」へと変身できるベルト状の装具である「ゴーストドライバー」を与えると、タケルが生き返るためには、タイムリミットである〝99日以内に15個揃えることで何でも願いが叶う〟という、歴史上の偉人たちの魂が宿った「英雄眼魂」を集めなければならないことを教えるのだった。
　現世に戻ったタケルは、通常ではあり得ないような不思議な事件の影に眼魔の存在ありと、御成や大天空寺の修行僧であるナリタ、シブヤらとともに「不可思議現象研究所」を設立。アカリからは得意の科学分野でサポートを受けながら眼魔と戦う日々を送り、その傍らで歴史上の偉人たちに関わる遺物から英雄眼魂を生み出していく。
　だが、英雄眼魂を求めていたのはタケルだけではなかった。眼魔の影では黒ずくめの衣装を纏った不気味な男、西園寺主税が暗躍。そして、ゴーストドライバーを持つもうひとりの戦士「仮面ライダースペクター」も、英雄眼魂を求めてタケルたちの前に現れた。
　ゴーストとスペクターが激しく火花を散らすなか、やがてスペクターの正体が幼いころに行方不明になったタケルの幼馴染、深海マコトであると判明する。マコトが眼魂を集める理由。それは、肉体を失ってしまい、眼魂のなかに魂を宿すことでかろうじて命をつないでいる妹の深海カノンを生き返らせるためだった。
　そして、戦いの果てについに15個の「英雄眼魂」が揃う。タケルは大天空寺の上空に現れた巨大な魔法陣へと吸い込まれ、謎の声が導くままに叶えたい願いを告げる。その願いとは……!?