放送期間2016年10月02日～2017年08月27日【全45話】
「バグスターウイルス」それは人体に直接感染し、ゲーム病を引き起こす新型のウイルス。
聖都大学附属病院の地下には、バグスターに対抗するための極秘部署「電脳救命センター：通称CR」が存在した。
CRに所属する小児科研修医・宝生永夢は天才ゲーマーの手腕を最大限に発揮し、仮面ライダーエグゼイドとしてゲーム病の治療に全力を注いでいた……。
思い出せない過去。自身とバグスターの関係。明かされていく数々の事実に打ちのめされながらも、永夢は患者の命を救うために戦い続けるのだった。
原作：石ノ森章太郎
脚本：高橋悠也
チーフプロデューサー：佐々木基（テレビ朝日）
プロデューサー：
大森敬仁（東映）
菅野あゆみ（テレビ朝日）
監督：中澤祥次郎 ほか
西暦2000年、人体に寄生し、成長することで怪人を生み出す通称〝ゲーム病〟を発症してしまう新種のコンピュータウイルス・バグスターウイルスが誕生した。事態を重く見た衛生省は、人知れずこの脅威と戦う組織「ＣＲ（電脳救命センター）」を設立。選ばれしドクターたちがゲームハードとなる変身ベルト「ゲーマドライバー」とソフトとなる「ガシャト」を使い、仮面ライダーに変身。ゲーム世界でバグスターと戦っていた。
そしてまたひとり、新たに「仮面ライダーエグゼイド」として若き小児科医研修医が選ばれる。その名は〝天才ゲーマーＭ〟の異名を持つ宝生永夢。彼は仲間と呼ぶには疑問符がつくドクター＝仮面ライダーたちと協力。ときには意見をぶつかり合わせながら、バグスターと戦うのだった。
ふぞろいなドクターたちが奮戦するなか、事件の裏で暗躍するもうひとりの仮面ライダーがいた。「仮面ライダーゲンム」……不可解な行動を続けるこのライダーの目的とは!?
2016年 10月 2日放送
2016年 10月 9日放送
2016年 10月 16日放送
2016年 10月 23日放送
2016年 10月 30日放送
2016年 11月 13日放送
2016年 11月 20日放送
2016年 11月 27日放送
2016年 12月 4日放送
2016年 12月 11日放送
2016年 12月 18日放送
2016年 12月 25日放送
檀黎斗こと仮面ライダーゲンムに敗北した九条貴利矢は消滅した。個人的欲求のため犠牲を厭わずバグスターのデータを集める黎斗に、患者の生命を預かる永夢らドクターたちは怒りを覚える。その野望を止めようと戦いを挑むが、バグスターのパラドが黎斗の協力を得て仮面ライダーパラドクスへと覚醒。まるでゲームを楽しむかのごとく永夢に勝負を挑み続けるパラドの行動に、ドクターたちは翻弄される。
そんななか、永夢がゲーム病に侵されていること、さらにはその発症者第１号であったことが判明。それを知ったストレスにより一気に病状は悪化すると思われたが、一時的に天才ゲーマーＭの人格だけが表に出るという症状を見せるだけで、永夢の肉体が消滅することはなかった。その後、貴利矢が残したリプログラミング機能を利用し、新たなガシャット「マキシマムマイティガシャットＸ」が完成。その力で黎斗の野望を打ち砕かんとする！
2017年 1月 8日放送
2017年 1月 15日放送
2017年 1月 22日放送
2017年 1月 29日放送
2017年 2月 5日放送
2017年 2月 12日放送
2017年 2月 19日放送
2017年 2月 26日放送
2017年 3月 5日放送
2017年 3月 12日放送
2017年 3月 19日放送
2017年 3月 26日放送
ゲームキャラクターへの考え方の違いから黎斗とパラドが決裂。ドクターたちに敗北した黎斗にふさわしいエンディングをと、パラドは黎斗を消滅させる。そして残されたのは、黎斗が完成させた最新ゲーム「仮面ライダークロニクル」。それはプレイヤーがゲームキャラクターとなり、現実世界でバグスターと戦うという刺激的なゲームだった。
だが、敗北したプレイヤーに待っているのは〝消滅〟という恐るべき現実。このゲームを止めるため、ドクター側とバグスター側は激しく抗争する。戦いが苛烈を極め、パラドが永夢から分離したバグスターであったことが判明するなど驚愕の事実が明らかになるなか、ポッピーピポパポの導きにより黎斗がバグスターの身体を利用して現実世界に帰還。ドクター側に味方し、この戦いにも決着がつくかと思われた。
しかし、かつてバグスターウイルスを大量発生させたゼロデイを引き起こした罪で刑務所に収監されていた黎斗の父・檀正宗が出所。正宗は伝説の戦士「仮面ライダークロノス」となり、ドクターとバグスターの前に姿を現す。そして、幻夢コーポレーション社長返り咲きとともに、仮面ライダークロニクルが永遠に愛されるゲームとなるため、正宗自身による管理を宣言する。その後、正宗は自分の陣営をより強固なものにするため、ある条件と引き換えに飛彩を味方に引き入れ、さらには貴利矢までをも復活させるのだった。
2017年 4月 2日放送
2017年 4月 9日放送
2017年 4月 16日放送
2017年 4月 23日放送
2017年 4月 30日放送
2017年 5月 7日放送
2017年 5月 14日放送
2017年 5月 21日放送
2017年 5月 28日放送
2017年 6月 4日放送
2017年 6月 11日放送
2017年 6月 25日放送
2017年 7月 2日放送
2017年 7月 9日放送
2017年 7月 16日放送
2017年 7月 23日放送
自らが消滅する危機を感じたことで、パラドは生命の尊さを知り、自らの宿主である永夢に協力を決意する。そして、ドクターたちの協力のもと、西馬ニコがゲームクリアの証であるガシャットロフィーをすべて揃えることに成功し、仮面ライダークロニクルのラスボスである「ゲムデウス」が降臨した。
ゲムデウスはバグスターウイルスを大量散布。恐怖のパンデミックが始まった。この黎斗すら予測していなかった緊急事態に貴利矢と黎斗が協力し、ゲムデウスウイルスワクチンを完成させる。
だが、ゲームを終わらせることを許さない正宗が、自らゲムデウスを倒すことで、伝説の戦士とラスボスが融合した「ゲムデウスクロノス」に変貌。それを永夢・飛彩・大我の最強医療チームが攻略するが、正宗はさらに真のラスボスである「超ゲムデウス」となり出現。この絶望的状況に対し、幾多の危機を乗り越えてきた仮面ライダーたちが雄々しく立ち向かい、命を懸けたポッピーとパラドの行動によりパンデミックの沈静化と、超ゲムデウスと正宗の分離に成功する。そして、仮面ライダークロニクルを完全に終わらせるため、仮面ライダーエグゼイドと仮面ライダークロノスの最後の戦いが始まる！
