善意をラーニングし、悪を根絶するために全仮面ライダーの力を行使できる仮面ライダーゼイン側と、それを食い止めようとし、財団Xによって復活させられた仮面ライダーアウトサイダーズ側で世界は分裂していた。
ブロンズドライブとともにアウトサイダーズとして復活させられたブレンは、仮面ライダーゼインであり、かつて仮面ライダーゼロノスだった桜井侑斗の信念に共鳴し、ゼイン側につくことに。
“ゼインドライバー”を起動させた橘朔也は“悪を根絶する”という大義のため仮面ライダークロニクルを一般開放することを試みるのだが――。