緋道蓮は平和になった世界に物足りなさを感じていた。そこにメギドを追って仮面ライダー滅が現れ、迫りくる悪の脅威から世界を守るために手を貸すよう求める。善意をラーニングし、悪を根絶するためにライダーの世界をひとつにしようとしている超常的存在、“ゼイン”の予測によると、蓮にも脅威が迫っているという。
一方、財団Ｘのニコル、ジョセフ乱堂はゼインが人類を滅ぼすのを阻止するため【プロジェクトアウトサイダーズ】を開始。仮面ライダーディエンドが回収したオーディンのカードデッキの力を使い、デザストを復活させた。