善意をラーニングし、悪を根絶するために仮面ライダーの世界をひとつにしようとしている超常的存在、“ゼイン”に対抗するため、財団Xは仮面ライダーアウトサイダーズとしてブロンズドライブを復活させた。一方、仮面ライダークロニクルをリブートした西馬ニコは、ジョージ・狩崎が開発した“ゼインドライバー”を完成形にするため、人類基盤史研究所＜BOARD＞に向かう。所長として現れた橘朔也によって“ゼインドライバー”が起動し、“ある適合者”が仮面ライダーゼインに変身を遂げるのだが——。